Neo坐着由Trinity（圣父圣子圣灵三位一体）驾驶的Logos号飞船（逻各斯在希腊语中有真理或“道”的意思），穿越封锁冲出云层，进入Matrix，以自己的生命换取人与机器的和平，救赎了世界（隐喻耶稣殉道）。 这个精彩的故事里蕴含着深刻的哲学和宗教寓意，也有政治的暗示。Smith是Matrix发展中形成的具有破坏力的、也是维持系统运转的程序(另外说一点，Smith相当于一种杀毒软件，Neo的入侵相当于病毒，杀毒软件和病毒之间是一种相伴而生的关系，Smith从与Neo等黑客的对抗中学习对方的技术提高自己的能力，Neo等人也通过smish学习和提高自己。）。Smith因为剿灭Neo失败被从系统里删除，但是由于他深入在系统中，无法彻底删除。然而这一操作却让他脱离了Matrix的控制，获得了自由。Smith曾经是暴力统治工具，可能使用的是类似machine learning的技术，系统只是给其一定初始目标设定，并不干预其如何运行，但这样的设定却带来不可预期的结果，使他的行为变得以纯粹的权力为取向，并具有强烈的复仇意识。这种暴力和对权力的理性又疯狂的追求具有传染性，像病毒一样将所有正常的系统和应用程序覆盖，最终使得系统为暴力、破坏力以及对权力的渴望所填充。一个被暴力和对权力的无限追求所占据的世界是不会收敛到均衡的，施加暴力的终将为暴力所伤害，系统陷入无限的loop，运行面临崩溃的威胁。而且Smith的这种疯狂的控制已经不满足于在Matrix中报复和战胜Neo，更通过对人的意识的控制，对现实中的Neo进行暗算。但此时的系统仍然在按计划进行对叛乱人类的zion世界每隔几代例行的剿灭活动，因此人类世界zion和机器世界Matrix同时面临危机。 机器是人创造的，而一旦机器取得了自由意志，人类依靠自己的力量无法抵御机器的剿灭；smith程序是机器制造的，而一旦程序取得了自由意志，机器也无法依靠自己的力量抵御程序的破坏。各自为战，人与机器将会同归于尽。 人类的“本性”不同于机器或程序，是在漫长的进化中形成的，它在演化过程中帮助人类解决生存中的各种问题，与人类的身体和环境协同演化至今，历遍各种危机，满足阿尔钦的所谓事后理性。但机器是新的威胁，人类并不知道如何面对、能否面对。但人类的那些被Smith看不起到特性——希望、信仰、爱、牺牲、怜悯等等——在危机的时刻仍然发挥了巨大的作用，虽然在力量上同机器相差如此悬殊，但仍然靠这些特性，用肉体抵御住机器的第一轮攻击，赢得了时间，也为自己和Neo赢得了与机器谈判的机会。 Matrix的虚拟世界已经被Smith搞得乌烟瘴气，连Oracle这种最具“源”特性的程序也不能幸免的被覆盖了。而Neo在Matrix中也并非无所不能，在双方僵持不下，甚至Neo可能失败的情况下，被Smith控制的Oracle还是以她的方式做最后一搏给了Neo鼓励。最终，机器刺激了Neo的力量，在人和机器的共同努力下，战胜了Smith所代表的暴力、权力、恶、复仇的力量。Matrix可以重归平静，人类世界也避免了一次次被剿灭的命运。 结尾的地方最是意味深长，象征建构和工具理性的Archetect（建筑师）与象征感性和不可知论的Oracle（先知）达成了共识，决定给予Matrix中的人类以自由意志，可以选择在Matrix世界中享受虚拟的平静和快乐，或者选择Zion世界的残酷和真实。这是个基督教新教当中非常重要的命题：上帝以其全知全能，当然应该知道亚当和夏娃可能在蛇的诱惑下吃伊甸园中的智慧果，但上帝仍然选择在造人的时候给他们自由意志，不对他们的选择加以干涉。因为上帝认为，一个有自由意志的但同时可能带来罪恶的世界，要比一个没有罪恶但同时也没有自由意志的世界更符合祂的期望。正是这种认识强化了西方文化中对自由的追求和认同，成为现代西方普世价值的核心。这个观念贯穿电影的很多地方，Oracle给很多人的启示都是说她其实无法预知未来，因为未来决定于每个个体的选择。 相对来说，matrix系列的第一集更应该叫做“革命”，因为第一集更多的是关于人对自己所处的状态的认识。试图脱离Matrix的虚幻世界，逃出机器的奴役，不做机器的“粮食”是最初的主题。第三集革的是机器与人的传统关系的命，但更像是对统治者的劝告，不论你所建构的体系多么完美，不论你的统治力量看上去是多么坚不可摧，你终究会面对建构体系时无法设想的危机。就像爱因斯坦所说的，“人不能在产生问题的那个层次上解决问题”，统治者同样需要不同的思维。因为当你剥夺了人们的自由，也就剥夺了人们的创造力，也就丧失了未来某个时刻利用人们的自由意志的副产品——真理——来解决系统问题的机会。只有把自由还给个人，并尊重人类的那些同样具有工具性的感性力量，才能让机体具有永久的活力。